A Petroflex foi uma das primeiras empresas do Estado do Rio de Janeiro que construiu uma estação para tratamento primário (físico-químico) de seus efluentes, em 1985. Em 1992 ampliou sua estação instalando a etapa de tratamento secundário (biológico) em sua unidade. Desde então a busca pelo enquadramento de seu efluente final aos padrões legais foi uma constante.

A Empresa ampliou em 30% a capacidade da Estação de Tratamento de Efluentes Industriais em Duque de Caxias, em 120% a capacidade de equalização de seus efluentes e instalou uma terceira fase para tratamento dos efluentes, que consiste de duas lagoas de estabilização.

Em Pernambuco, a moderna planta industrial de Cabo utiliza tecnologia em solução, no lugar da emulsão, gerando quantidade ínfima de resíduos. Os efluentes líquidos são tratados em estação biológica.

Na fábrica de Triunfo se utiliza um sistema de tratamento de efluentes do Polo Petroquímico do RS.